《日本陽明學(xué)派之哲學(xué)》根據(jù)對立統(tǒng)一的原則，為江戶以來的日本陽明學(xué)派設(shè)計了一個對立面朱子學(xué)派，然后根據(jù)正反合原則，把中立于陽明學(xué)和朱子學(xué)之間的學(xué)者劃歸為古學(xué)派，企圖折衷二者矛盾的學(xué)者的歸納為折衷學(xué)派,最后把都不沾邊的學(xué)者劃歸為獨立學(xué)派。在此之上該書詳細論述了日本陽明學(xué)從江戶到明治時期的傳承，按流派和人物全面論述了日本陽明學(xué)派的源流、內(nèi)容和特征。井上哲次郎的《日本陽明學(xué)派之哲學(xué)》是迄今為止日本陽明學(xué)最權(quán)威的著作，為日本陽明學(xué)在日本學(xué)術(shù)界掙得了正式的話語權(quán)。

《日本陽明學(xué)派之哲學(xué)》對中國學(xué)者的影響非常深遠。如戊戌變法失敗后逃亡日本的梁啟超的日本陽明學(xué)修養(yǎng)和知識見聞基本上來源于該書;張君勱的《中日陽明學(xué)比較》以該書為知識源泉;朱謙之的《日本古學(xué)及陽明學(xué)》以該書為藍本寫成。